پژوهشکده فاوا از سه گروه تخصصی و حوزه معاونت تشکیل شده است. فعالیتهای طراحی و ساخت در پروژه ها به زیر سیستم های مختلف شکسته شده و هر زیر سیستم بنا بر ماهیتی که دارد به یکی از گروههای تخصصی واگذار می گردد و در آنجا مراحل طراحی مفهومی، طراحی تفصیلی، ساخت و تست آن انجام می پذیرد. حوزه معاونت نقش پشتیبانی و لجستیک را برای گروههای پژوهشی ایفا می نماید.
